Haubenmeisen kommen vorwiegend in Nadelwäldern vor. Damit gehören sie neben Fichtenkreuzschnäbeln, Erlenzeisigen, Tannenmeisen und Tannenhähern zu den wenigen Arten, die von den großen Nadelholzaufforstungen im letzten Jahrhundert profitiert haben. Ähnlich wie die Weidenmeise, brütet auch die Haubenmeise selten in künstlich angebrachten Nistkästen. Auch sie bevorzugt es, in Weich- oder Totholz ihre eigenen Bruthöhlen zu zimmern. In Ortschaften kommt sie nicht sehr häufig vor. Allerdings erreichen die Nadelbäume, die in ehemaligen Neubaugebieten gepflanzt wurden, langsam ein recht günstiges Alter, um für die Haubenmeise für das Brutgeschäft nützlich zu werden. Deshalb rücken sie mancherorts doch in die städtischen Regionen vor und können zeitweilig dort gesichtet werden.